नेपालमा पहिलो रेल सेवा अमलेखगञ्जबाट (नेपाल) रक्सौल (भारत) सम्म करिब ४८ कि.मि. सन् १९२७ मा शुरु भएको र सन् १९६० सालमा बन्द भएको र यसै गरी सन् १९३७ मा भारतको जयनगर देखि नेपालको जनकपुर - बिजलपुरा सम्म ५१ कि. मि. मा दोस्रो रेल सेवा शुरु भएको।
रेल सेवा तुलनात्मक रुपमा अन्य यातायात सेवा भन्दा धेरै सुलभ, भरपर्दो र सुविधाजनक हुने र राज्यको आर्थिक विकासमा टेवा पुर्याउन, आन्तरिक रेल सञ्जालको विकास एवं विस्तारका साथै छिमेकी राष्ट्रहरुको रेल संञ्जालसँग आबद्ध गर्नु आवश्यक देखिन्छ। यसका लागि रेल सम्बन्धि नीति निर्माणमा सहयोग गर्न, दिगो पूर्वाधार विकास, विस्तार र सेवा संचालन गर्ने कार्यमा मार्ग निर्देशन गर्नका लागि एउटा स्थायी संरचना आवश्यक पर्ने कुरा नेपाल सरकारले महसूस गरी नेपाल सरकार (मन्त्रिपरिष्द) को मिति २०६८।०३।०१ को निर्णय बमोजिम स्थायी तथा केन्द्रीयस्तरको संरचनाको रुपमा, भौतिक पूर्वाधार तथा यातायात मन्त्रालय अन्तर्गत रेल विभाग स्थापना भएको।